電気を食わない vs お金がかからないさてどっちが良いか

Perlで書いたスクリプトは遅いに決まっている。Perlを使うなとは言わないがプロトタイプに留めるべきで、本番で使う段になったらCで書き直せ。

直接話を聞いていないのでどういう文脈の話なのかわからないが、いまどき

Cで生成されたオブジェクトコードは遅いに決まっている。Cを使うなとは言わないがプロトタイプに留めるべきで、本番で使う段になったらアセンブラで書き直せ。

という人はいないだろうし、もっと強烈なバージョンとして

CPUで動作するプログラムは遅いに決まっている。CPUを使うなとは言わないがプロトタイプに留めるべきで、本番で使う段になったらハードウェアロジックで書き直せ。

というのも考えられる。

ビジネスとして技術を使うとなると、必然的にコストとのトレードオフになるはずで、トータルでペイするから全面的に書き直すというのはもちろんありだ。
ただ実感としては、例えば実行速度に関して言えば、向上にかかるコストはリニアではなく指数関数的に増大する。20%速くするのに2倍、それをさらに20%速くするのに4倍という感じ。一般的には、一つのファクターを限界までチューニングしていくよりも、全体のバランスを取ったほうがトータルコストを抑えられると思う。

web系だと仕様変更も多いので、カリカリチューンして（サーバ台数削減などで）節約できるコストメリットと、カリカリチューンしたことによって仕様変更に弱くなる（結果仕様変更の実装コストが上がる）というデメリットを天秤にかけることになる。
特にプロジェクト規模が小さいと人件費の比率が高いので、C/C++よりもPerlやPHPで書いたほうがお得なことが多いと思う。